Игуменья Паисия, в миру дочь потомственного дворянина, Прасковья Васильевна Шумова, управляла обителью 18 с половиной лет (1882-1900гг.) При игуменьи Марии она занимала должность казначея. Избрание состоялось 21 января 1882 года в теплой церкви в присутствии благочинного монастырей, Спасского архимандрита Макария и брата почившей игуменьи обители Марии Николая Алексеевича Ахматова, оплакивавшего кончину своей сестры-подвижницы. После избрания сразу был отпущен молебен святому Николаю. Монахиня Паисия имела 58 лет, 30 лет провела в монастыре, поступила в 1853 году, постриженна в 1864 году, в том же году поступила на должность казначея. В сан игуменьи возведена 11 апреля 1882 года Епископом Макарием. Во время ее игуменства сделано немало. В 1883 году обновлена внутренность теплого Богоявленского храма, своды расписаны живописью. В том году, весной в Арзамасе было три опустошительных пожара. Второй, 30 апреля, в субботу на Фоминой неделе, угрожал и Николаевскому монастырю. Напуганные сестры обратились к святителю Николаю и вынесли его чудотворную икону за ворота обители. Ветер подул в противоположную сторону, и обитель была избавлена от угрожающего пожара. В том же 1883 году приобретено обителью место на углу Соборной площади и Стрелецкой улицы там, где стояли сгоревшие во время пожара дома монастырских протоиереев Иоанна Покровского (архимандрита Иоакима) и Авраамия Некрасова. В этом месте построен двухэтажный дом,  в нижний этаж устроено помещение для почетных посетителей обители. В 1884 году на углу, рядом с этим домом по желанию граждан на средства благотворителей, построена красивая каменная часовня. Закладка была произведена 16 июня 1883 года после молебна. Первый камень положил протоиерей Авраамий Некрасов, второй — игуменья Паисия.

В 1885 году по ходатайству игуменьи Паисии прислана с Афона, из русского Пантелиимонова монастыря, на благословение жителям города и монастырю Иверская икона Божией Матери. По ходатайству игуменьи Паисии она была украшена серебро-позолоченным венцом, ризою, шитою золотом и драгоценными камнями. Ежегодно в день перенесения иконы, 3-го ноября в обители совершается празднество иконе с чтением на всенощной акафиста.

Игуменью Паисию сестры вспоминали, как человека с глубоким смирением, истинно монашеской добровольной нищете и самоотверженности, с которой она посвятила на пользу обители. О смирении свидетельствует то, что, опечалив иногда строгим выговором, она потом готова просить прощение у самой молодой послушницы. А когда она умерла, то у нее не оказалось не только какого-либо имущества, но и приличной ряски. Самоотвержение состояло в том, что обремененная летами и болезнями, она до последнего дня своей жизни не переставала заниматься делами обители, потому, что, хотя и просилась на покой, но не была уволена.

Игуменья Паисия скончалась 27 октября 1900 года, имея около 80 лет. Последние годы своей жизни она провела в скорбях и болезнях. Давно уже  она страдала ногами, под конец жизни ее, подобно игуменьи Марии, сестры носили ее в церковь на носилках. С 1896 года она стала слабеть глазами, а под конец совсем лишилась зрения, и около трех лет была слепая. В это-то время она и вознамерилась просить об увольнении на покой, но преосвященный Владимир ІІ, сам обремененный скорбями и болезнями, уговорил ее, ради послушания, послужить еще. Хотя и слепая, она сохраняла бодрость духа и имела твердую память, а потому до последнего дня своей жизни не переставала руководить делами обители. Страх Божий и нелицемерное желание общего блага настолько были тверды в обители, что и при слепой игуменьи, по молитвам Святителя Николая, обитель его не терпела никакого ущерба, но продолжала процветать. Погребена игуменья Паисия вместе со своими предшественницами, около Богоявленского храма.