Богоявленская церковь представляет довольно большое здание в два этажа. Как указывают исторические данные, это уже пятый храм того же имени на одном и том же месте. Первый деревянный был построен иереем Феофилактом, имел придел св. Георгия Победоносца и сгорел в 1650 году; второй деревянный, построенный его супругой и сыновьями, сгорел в 1726 году; третий деревянный без приделов построен в 1740 году и разобран в 1770 году; четвертый каменный трехпрестольный построен а в 1776 году; пятый воздвигнут при игумении Евсевии в 1811 году и освящен в 1813. И он существует до сих пор. Тогда же в нём были устроены приделы: правый – во имя Боголюбской иконы Божией Матери и левый — Всех Святых, внизу — больничная церковь в честь иконы  Божией Матери «Всех Скорбящих Радость».  Прямоугольная в плане трёхнефная постройка построена в стиле классицизма с небольшим куполом над трансептом. Вот как описывает храм  А. С. Петряшин на своем авторском сайте в истории Николаевского женского монастыря.  «Здание Богоявленской церкви относится к тому редкому типу крестовокупольных храмов, которые нечасто встречаются в средней полосе России. Постепенно вырастающее от основания: сначала высокий цоколь, потом первый парадный этаж, далее поднимаются стены среднего объема. Все здание его центральной вертикальной оси оживляется средней — мезонинной частью, которую завершает барабан, покрытый фасонным куполом и крестом на изящной шейке.  Плоскости стен декорированы спаренными колоннами, поясками и круглыми окнами. Входы в обитель были оформлены одностилевыми со зданием воротами, ритм которых, в свою очередь, слева поддерживала аркада торговых рядов.

Образ Богоявленской церкви и других построек Никольского монастыря грмонично со­четался с окружающими Соборную площадь другими зданиями.   В 1913 году монастырь был вполне благоустроен. Здания его и постройки были покра­шены и чисто выбелены, аккуратные дорожки и клумбы с цветами радовали глаз. Внутреннее пространство храмов со старинными резными иконостасами и многочисленными иконами, ценными церковными вещами были плодами трудов монахинь, число которых достигло 325 человек. В монастырской иконописной мастерской сестры шили церковные облачения, ис­кусно украшая их золотой вышивкой.

Пластика архитектурных форм его зданий, ярко-синие главки храмов с золочеными звездами и крестами восхищали гостей города и были гордостью арзамасцев». Словом, церковь является одним из зданий, формирующих облик Соборной площади Арзамаса. Недалеко от церкви расположены и другие постройки монастыря, в том числе знаменитые Святые ворота.

Языком  исторической справки даются сведения о том, что Богоявленская церковь имеет два входа: западный из монастыря для инокинь и северный с Соборной площади для духовенства и мирян. Здесь мужчины занимают только небольшое пространство в северной части храма близ дверей, а выходят на средину храма только для лобызания св. Евангелия и св. икон, выносимых на величание. Для удобства мужчин-богомольцев чудотворная икона св. Николая помещается в этом месте, где становятся мужчины. Богослужение в этом храме совершается большую часть года, с 1 сентября по 9 мая, а также и летом в храмовые праздники: Всех Святых и Боголюбской иконы Божией Матери. Местная икона Богоявления украшена серебряною вызолоченною ризою, весом в 18 фунтов при игумении Асенефе по усердию московского купца Максима Кирилловича Жильцова. Над западной папертью устроена при игумении Паисии монастырская ризница. Монастырь был украшением всего города.

Мирное течение монастырской жизни было нарушено Октябрьским переворотом 1917 года. В 1918 году в Арзамас вошли части Красной армии. В Свято-Николаевском монастыре были размещены солдаты. Трудовую артель сестер разогнали, монастырь закрыли в 1928 году. Часть зданий использовали под разные нужды. Храмы постепенно ветшали и разрушались. Богоявленский храм  передали Госбанку, позже здание  использовали под магазин. Монастырь возвращён верующим в 1994 году, спустя короткое время на Богоявленской церкви был восстановлен купол. В том же году был освящён верхний зимний придел в честь Богоявления Господня.

 

Богоявленский храм сегодня — основное место для проведения богослужений. Он теплый и уютный, с сохранившимися старыми иконами, в нем пребывают частицы мощей великих святых, иконы блаженной Матроны Московской и святой мученицы Татианы с частицами мощей.